Філософія CSLabGrid
Цитоскелет – високодинамічна структура клітини, функціонування якої забезпечує процеси мітозу, мейозу, цитокінезу, підтримки і адаптації форми клітин, екзо- та ендоцитоз, рух клітини, активний транспорт тощо. Завдяки здатності молекул тубуліну, а також його бактеріальних ортологів - FtsZ-білків специфічним чином зв’язувати низькомолекулярні сполуки різної природи, мікротрубочки є відповідальними за реакцію еукаріотичних клітин на дію різноманітних хімічних чинників. Саме тому α- і β-субодиниці тубуліну є важливими мішенями для широкого спектру комерційно значимих препаратів, що використовуються як протипухлинні, фунгіцидні, гербіциди, антипротозойні, протигельмінтні та інші засоби.
Незважаючи на багаторічну історію дослідження цитоскелету і його динаміки із застосуванням методів клітинної біології, біохімії, молекулярної біології тощо, розуміння більшої частини пов'язаних з ним молекулярних і міжмолекулярних процесів стало формуватись тільки останніми роками і нерозривно пов'язано із розвитком і успіхами біоінформатики і структурної біології in silico. Основним стримуючим чинником застосування методів структурної біоінформатики є залежність від обчислювальних ресурсів. Обчислення у Грід є потужним інструментом, здатним розв'язати проблему цілого ряду необхідних молекулярно-біологічних обчислень (докінг, молекулярна динаміка тощо). Наша дослідницька група пов'язана давніми науковими зв'язками з рядом лабораторій України, країн СНД, Європи, США, Канади, Австралії та Азії, які працюють у галузі вивчення структури та функцій цитоскелету. Тому створення тематичної віртуальної організації CSLabGrid є логічним етапом розвитку налагодженої співпраці на основі створення загального обчислювального простору за принципом спільності обчислювальних і наукових завдань.
Віртуальна організація CSLabGrid створена для вирішення наукових та прикладних задач у галузі дослідження цитоскелету, що потребує спільних зусиль і значних обчислювальних ресурсів як для біології in silico (структурна біологія, біоінформатика та біофізика), так і для задач, пов’язаних із використанням сучасних інструментальних методів дослідження (лазерна конфокальна мікроскопія, електронна мікроскопія тощо), які також потребують ресурсоємної обробки первинних даних та/або створення доступних (у межах віртуальної організації) баз даних для зберігання оброблених результатів. Створено репозиторій 3-D моделей ряду цитоскелетних білків (тубулінів, БАМ, FtsZ-білків), які були верифіковані за показниками стереохімічної коректності, якості упаковки, вірогідності укладки та результатами симуляції молекулярної динаміки з використанням обчислень в Грід, а також репозиторій просторових структур канонічних антимікротрубочкових речовин рядів бензімідазолу, фосфороамідів і динітроанілінів для подальшого використання у експериментах, що виконуються у рамках спільних досліджень учасників віртуальної організації.
Мета міжнародної віртуальної лабораторії CSLabGrid полягає у об’єднанні ряду вітчизняних та закордонних дослідницьких груп, пов’язаних багаторічною співпрацею у галузі фундаментального та прикладного вивчення цитоскелету. Головним принципом CSLabGrid є вирішення наукових обчислювальних задач (молекулярний скринінг, докінг, молекулярна динаміка, 3D-QSAR, класична біоінформатика, обробка даних мікроскопії, створення баз даних) із використанням Грід-обчислень при одночасному підтвердженні (контролі) отриманих даних результатами експериментів in vivo та in vitro.
Работа выполняется при поддержке Державної цільової науково-технічної програми впровадження і застосування грід-технологій на 2009—2013 роки.
Документи CSLabGrid:
Положення про ВО CSLabGrid
Політика прийнятного використання ВО “CSLabGrid”
“CSLabGrid” VO Acceptable Use Policy (in English)
Споріднені ресурси:
Український Національний Грід. Сайт Державної програми.
CAUGRID - Центр сертифікації.
Грід моніторинг.
Локальний моніторинг кластеру IFBG.
CyberPlantUA
