Main profile
Full profile
2001 – termination of the Kyiv national university of Т.G. Shevchenko, biological faculty. The diploma of the master-biologist, the teacher of biology, on a speciality «the genetic engineer and the cellular biologist».
22 травня 2012 р. відбувся успішний захист дисертацїї "АНАЛІЗ ГОМОЛОГІЇ ПОСЛІДОВНОСТЕЙ ПРОКАРІОТИЧНИХ І ЕУКАРІОТИЧНИХ FTSZ-БІЛКІВ ТА СТРУКТУРНО-БІОЛОГІЧНІ ОСОБЛИВОСТІ ЗВ'ЯЗУВАННЯ НИМИ СПОЛУК БЕНЗІМІДАЗОЛЬНОГО РЯДУ" на здобуття наукового ступення кандидата біолгічніх наук (03.00.22 - молекулярна генетика)
Present position:
Junior scientist of the Laboratory of Bioinformatics and Structural Biology Dept. of Genomics and Molecular Biotechnology - since 2010
Previous positions:
- Institute of cell biology and genetic engineering NAS of Ukraine - the younger research assistant (till april 2007 - the leading engineer) - from 2001 till 2008
Methods and Soft:
- Computer modelling and simulation of behaviour of proteins and complexes with low-molecular compounds.
- BLAST, Clustal, SMART, Pfam, TreeView, MODELLER, I-TASSER, 3D-JIGSAW, Swiss-PdbViewer, VMD, HyperChem, Molsoft ICM-Pro; PyMOL, CCDC GOLD, HEX, Accelrys Discovery Studio, LigandScout, PRODRG, Kinexus (PhosphoNET) etc.
Статті:
Nyporko A.Yu., Demchuk O.N., Blume Ya.B. Cold adaptation of plant microtubules: structural interaction of primary sequence changes in a highly conserved region of α-tubulin // Cell Biol. Int. – 2003. -V. 27. -Р. 241-243.
Ныпорко А.Ю., Демчук О.Н., Блюм Я.Б. Анализ структурных особенностей α-тубулина растений, обеспечивающих повышенную устойчивость к холоду // Цитология и генетика. – 2003 – Т. 37 – № 6. – С. 3-11.
(Nyporko A.U., Demchuk O.N., Blume Ya.B. Analysis of structural peculiarities of plant α-tubulins determining the increased cold tolerance
// Cytology and Genetics, - 2003, Vol.37(6), - P. 3-11)
Blume, Ya.B., Nyporko, A., and Demchuk, O., Nitrotyrosination of Plant α-Tubulins: Potential Mechanisms of Influence to CellularProcesses // BMC Plant Biol.,-2005, - Vol. 5,- P. 1186–1189.
Демчук О.Н.,Блюм Я.Б. Построение филогенетического древа растительных тубулинов на основании гомологии их белковых последовательностей // Цитология и генетика. – 2005. – Т. 39 – № 2. – С. 3-9.
(Demchuk O.N., Blume Ya.B. Construction of phylogenetic tree of plant tubulins basing on the homology of their protein sequences
// Cytology and Genetics, - 2005, - Vol.39(2), - P. 3-9)
Демчук О.Н.,Блюм Я.Б. Филогенетическое древо бактериальных и эукариотических FtsZ-белков на основании гомологии их первичных последовательностей // Цитология и генетика. – 2005. – Т. 39 – № 4. – С. 3-12.
(Demchuk O.N., Blume Ya.B. Phylogenetic tree of bacterial and eucaryotic FtsZ-proteins created according to the homology of their primary sequences
// Cytology and Genetics, - 2005, - Vol.39(4), - P. 3-12)
Демчук О.Н.,Ныпорко А.Ю., Блюм Я.Б. Построение трехмерных моделей FtsZ-белков Arabidopsis thaliana на основе кристаллической структуры архебактериального комплекса FtsZ-GDP// Цитология и генетика – 2006. Т.40-№ 1. – С.10-20.
(Demchuk O.N., Nyporko A.Yu., Blume Ya.B. Construction of three-dimensional models of Arabidopsis thaliana FtsZ-proteins on basis of crystal structure of archaebacterial FtsZ-GDP complex // Cytology and Genetics, - 2006, Vol.40(1), - P. 10-20).
Demchuk O., Karpov P., Raspor P., Blume Ya. Molecular modelling of FtsZ proteins based on their homology in Escherichia coli and Mycobacterium tuberculosis as the key stage of rational design of new antituberculous compounds //Acta Biologica Slovenica, – 2011. – Vol. 54 – Št.2 – P. 13-29.
Demchuk O., Karpov P., Blume Ya. Docking small ligands to molecule of the plant FtsZ protein: application of the CUDA technology for faster computations // Cytology and Genetics. - 2012. - V. 46, No. 3. - P. 172-179. DOI: 10.3103/S0095452712030048; http://www.springerlink.com/content/923775238162x14k/
Тези:
Nyporko A.Yu., Demchuk O.N., Yemets A.I., Blume Ya.B. Influence of acetylation on spatial structure of plant tubulin // Abstractsof Ukrainian conference for young scientists. 11-13 April, 2003. - Simferopol,2003. - Crimea, Ukraine. – P. 65-66.
Demchuk O.N., Nyporko A.Y., Blume Y.B. Reconstruction of spatial structure of plant FtsZ-proteins // Abst. of XVII International Botanical Congress (July 17-23, 2005, Vienna, Austria) – Vienna, 2005. – P. 274.
Nyporko A.Yu., Yemets A.I., Demchuk O.N., Lloyd C., Blume Ya.B. Plant tubulin polyglutamylation. Potential effects on tubulin spatial structure and functional properties of microtubules // International Symposium “The Plant Cytoskeleton: Genomic and Bioinformatic Tools for Biotechnology and Agriculture” (September 19-23, 2006, Yalta, Crimea, Ukraine) – Yalta, 2006. – P. 63-69.
Demchuk O.M., Karpov P.A., Nyporko A.Yu., Blume Ya.B. Structural bioinformatics approaches to identify potential binding sites of plant FtsZ-protein with dinitroanilines // International Symposium “The Plant Cytoskeleton: Genomic and Bioinformatic Tools for Biotechnology and Agriculture” (September 19-23, 2006, Yalta, Crimea, Ukraine) – Yalta, 2006. – P. 23-26.
Демчук О.М., Блюм Я.Б.Ідентифікація потенційних сайтів зв’язування 2-алкоксикарбоніламінопіридинів та фенольних дитерпенів з FtsZ-білком Mycobacterium tuberculosis // 2-ий З’їзд українського товариства клітинної біології, 23-26 жовтня 2007р., Київ.– C. 237.
Демчук О.М., Карпов П.А, Нипорко О.Ю., Блюм Я.Б.Моделювання трьохвимірної структури рослиннго FtsZ-білку для пошуку можливих сайтів зв’язування динітроанілінів та фосфоротіоамідів // 2-ий З’їзд українського товариства клітинної біології, 23-26 жовтня 2007р., Київ.– C. 238.
Demchuk O., Lytvyn D., Yemets A., Karpov P., Blume Ya. New benzimidazole derivatives as possible antibacterial drugs. // Moscow Conference on Computational Molecular Biology “Proceedings Of The International Moscow Conference On Computational Molecular Biology”, Mosow, Russia, 21-24 July 2011, — P. 87-88.
Демчук О.М., Карпов П.А., Блюм Я.Б. Застосування CUDA-обчислень для прискорення процесу ліганд-білкового докінгу // Первая конференция молодых ученых «Биология растений и биотехнология», 5-7 октября 2011г., г. Белая Церковь, Украина. – С. 68.
Демчук О.Н., Карпов П.А., Блюм Я.Б. Сокращение времени расчетов лиганд-белкового докинга за счет применения технологии CUDA //
Міжнародна конференція "Кластерні обчислення", Київ, Україна - 2012, 12 -14 червня, - С. 6-7.
Карпов П.А., Демчук О.Н., Блюм Я.Б. Применение технологии CUDA-вычислений для выполнения биоинформационных и структурно-биологических расчетов // Міжнародна конференція "Кластерні обчислення", Київ, Україна - 2012, 12 -14 червня, - С. 8-11.
Ozheredov S.P., Demchuk O.M., Karpov P.A., Blume Ya.B. In silico analysis of the interaction of new dinitroaniline compOunds with αlpha-tubulin // 3rd International Symposium Intracellular Signaling and Bioactive Molecules Design, 17-23 September 2012, Lviv, Ukraine, - P. 155
Spivak S.I., Karpov P.A., Demchuk O.M., Blume Ya.B. The identification of potential phosphorylation sites with ser, tre and tyr residues in arabidopsis microtubules // 3rd International Symposium Intracellular Signaling and Bioactive Molecules Design, 17-23 September 2012, Lviv, Ukraine, - P. 158
Демчук О., Карпов П., Блюм Я. Реконструкція кінезину-8 з Arabidopsis thaliana та його взаємодії з тубуліновим тетраметром // International Symposium on Cell Biology jointly with 3rd Ukrainian Congress for Cell Biology, May 16-20, 2012, Yalta, Ukraine,- P.183.