Ви є тут

Samofalova Dariya

Зображення користувача Samofalova Dariya.

Main profile

Самофалова Дарія Олексіївна
Провідний інженер
Contact information: 
samofalova_dariya(at)i.ua

Full profile

Education: 

2010 2013 - аспірантура в ДУ «Інститут харчової біотехнології та геноміки НАН України», науковий керівник - академік НАН України Я.Б. Блюм

20052009 - ступінь бакалавра по спеціальності«біологія– генетика». Київський Національний університет ім.Т.Г. Шевченко, Київ, Україна.

2009 2010 - ступінь спеціаліста з відзнакою по спеціальності «біологія – генетика». Київський Національний університет ім.Т.Г. Шевченко, Київ, Україна.

 

Work experiences: 

2013 - по теперішній час, провідний інженер лабораторії біоінформатики та структурної біології в ДУ «Інститут харчової біотехнології та геноміки НАН України»;
2008-2010 - провідний інженер лабораторії структурної біології та біоінформатики в Інституті клітинної біології та генетичної інженерії НАНУ.

 

Current projects: 

2014-2016 - НАН і МОН України «3/28: Розробка нанобіотехнологічніх підходів отримання квантових точок сульфіду кадмію і дослідження їх біологічної активності»;

2010-2016 - «Використання Грід-технологій в фундаментальних і прикладних дослідженнях цитоскелета, шляхом створення та розвитку віртуальної організації CSLabGrid». Участь в роботі (зареєстрований користувач) віртуальної організації VO CSLabGrid (http://ifbg.org.ua/uk/cslabgrid);

2009-2010 - НАН України та НТЦУ «Програма цільових досліджень та розвиваючих ініціатив” 2009-2010 рр. (STCU#5215) за темою: "Пошук ефективних інгібіторів протеїнфосфатаз за допомогою нанохімічних підходів і оцінка їх біологічної ефективності in silico" / "Search of effective protein phosphatases inhibitors using nanochemical approaches and evaluation of their biological activity in silico".

 

Selected publications: 

За 2016 рік - Статті:

1. Карпов П.А., Демчук О.М., Брицун В.М., Литвин Д.І., Пидюра М.О., Раєвський О.В., Самофалова Д.О., Співак С.І., Волочнюк Д.М., Ємець А.І., Блюм Я.Б. Нові імідазольні похідні як інгібітори FtsZ-білків мікобактерій: від високопропускного молекулярного скринінгу в Ґрід до експериментального аналізу in vitro // Nauka innov. 2016, 12(3):44-59; http://dx.doi.org/10.15407/scin12.03.044

2. Ivaschuk B. V., Samofalova D.O., Pirko Ya. V., Fedak G., Blume Ya The homologous identification of the stem rust resistance genes Rpg5, Adf3 and RGA1 in the relatives of barley// Cytology and Genetics 50(2):96-105.DOI: 10.3103/S0095452716020055

3. Sokolik V.V., Karpov P.A., Samofalova D.A., Shulga S.M. Anti-Cytokine Activity of Curcumin and Its Binding to a Fragment of AβPP//Advances in Biochemistry. Vol. 4, No. 4, 2016, pp. 34-46. doi: 10.11648/j.ab.20160404.11

4. Самофалова Д.А., Карпов П.А., Блюм Я.Б. Особливості ліганд-білкової взаємодії інгібіторів протеїнфосфатаз, потенційно пов’язаних з цитоскелетом // Фактори експериментальної еволюції організмів. 2016, Том. 16-2. С.

5. Демчук О.М., Карпов П.А., Ожерєдов С.П., Співак С.І., Пидюра М.O., Самофалова Д.О., Блюм Я.Б. Створення та наповнення бази даних цитоскелетних білків вітруальної організації SCLabGribтривимірними структурами тубуліну // Фактори експериментальної еволюції організмів. 2016, Том. 16-2.С.

6. Raevsky A.V.,Sharifi M., Samofalova D.A.,Karpov P.A.,Blume Ya.B. 3D structure prediction of histone acetyltransferase proteins of the MYST family and their interactome in Arabidopsis thaliana//Journal of Molecular Modeling (in print)

7. Samofalova D.A., Karpov P.A., Raevsky A.V., Blume Ya.B. Protein phosphatases associated with the microtubules regulation: spatial structure reconstruction and analysis // The Open Plant Science Journal: Thematic Issue “Plant Cytoskeleton: Structural Organisation and Functional Dynamics” (in print)

За 2015 рік - Статті:

1. SamofalovaD. A., KarpovP. A., BlumYa. BioinformaticComparison of Human and Higher Plant Phosphatomes // Tsitol. Genet. 2015. Vol. 49. N4. Р.3-10.

2. Самофалова Д.А., Карпов П.А., Блюм Я.Б. Поиск производных ингибиторов протеинфосфатаз, потенциально связанных с регуляцией цитоскелета растений // Фактори експериментальної еволюції організмів.2015, Том. 15.С.87-91.

3. Карпов П.А., Брицун В.М., Раєвський О.В., Демчук О.М., Пидюра М.О., Ожерєдов С.П., Самофалова Д.О., Співак С.І., Ємець А.І., Кальченко В.І., Блюм Я.Б. Високопропускний скринінг речовин з антимітотичною активністю на базі віртуальної організації CSLabGrid// Naukainnov. 2015, 11(1): 92-100.

4. Ісаєнков С. В., Самофалова Д. О. Філогенетиний аналіз потенційних калієвих каналів родини ТРК рослинного походження / PhylogeneticanalysisofputativeplantpotassiumchannelsbelongingtoTPKfamily// Наукові доповіді Національного університету біоресурсів і природокористування України, 2014, № 2 (51) (http://nd.nubip.edu.ua/2015_2/)

5. Співак С.І., Ожерєдов С.П., Самофалова Д.О., Раєвський О.В., Карпов П.А. Реконструкція та верифікація просторової структури молекул тубулінів представників Diplomonadida, Kinetoplastida, Amoebida, Saccharomycetesта Microsporea// Фактори експериментальної еволюції організмів. 2015, Том. 15. С. 92-96.

6. IsayenkovS.V., SamofalovaD.O. – ThephylogeneticdiversityanalysisofplantNHXNa+/H+ exchangers// Наукові доповіді Національного університету біоресурсів і природокористування України, 2015, № 6 (55) (http://nd.nubip.edu.ua/2015_6/index.html )

За 2014 рік - Стаття та тези:

1. Самофалова Д., Карпов П., Блюм Я. Пошук рослинних молекулярних мішеней селективних інгібіторів серин-треонін специфічних протеїнфосфатаз // Вісник Львівського ун-ту. Серія біологічна. 2014. Вип. 68. С. 392-404.

2. Raevsky A.V., Samofalova D.A., Кarpov P.A., Blume Y.B. Identification of potential inhibitor of protein kinase D1 (PKD1) AND 2 (PKD2) // The ninth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure\systems biology, 23–28.06.2014. Novosibirsk, Russia, P.135.

3. Raevsky A., Samofalova D., Кarpov P., Blume Y. Plant histone acetyltransferases and p compounds inhibiting their activity // International symposium on cell biology jointly with 4th ukrainian congress for cell biology, 17-20.09.2014. Uzgorod, Ukraine, P.12.

4. Пирко Я.В., Рабоконь А. Н., Постовойтова А.С., Самофалова Д.А., Блюм Я.Б. Анализ гомологов генов, кодирующих актин, у различных видов высших растений // Фундаментальные и прикладные исследования в биологии. Материалы ІІІ Международной научной конференции студентов, аспирантов и молодых учёных. Донецк, 24-27 февраля, 2014г., 284c.

За 2013 рік - Тези:

1. Самофалова Д.А., Карпов П.А. Анализ взаимодействия кантаридиновых ингибиторов с растительными протеинфосфатазами // PlantGenomicsandBiotechnology2013, December23-24, 2013, Kyiv, Ukraine, С.36. (http://ifbg.org.ua/~files/events/Plant_Gen_Biotech_Conf_2013 /Abstract_book_-_Plant_Gen_Biotech_Conf_2013.pdf).

2. Karpov P.A., Samofalova D.A., Blume Ya.B. Search of effective protein phosphatases inhibitors using nanochemical approaches and evaluation of their biological activity in silico // Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB'13), Moscow, Russia July 25–28, 2013, P. 228.

(http://mccmb.belozersky.msu.ru/2013/abstracts/abstracts/228.pdf)

За 2012 рік - Тези:

1. Самофалова Д.О., Карпов П.А., Блюм Я.Б. Результати біоінформаційного і філогенетичного аналізу групи серин-треонінспецифічних протеїнфосфатаз тваринного і рослинного походження // 3-й з’їзд Українського товариства клітинних біологів з міжнародним представництвом, Ялта, Україна., 16-20.05.2012р. С.174.

2. Samofalova D. A., P. A. Karpov, Ya. B. Blum. Identification of new derivatives of okadaic acid - selective inhibitor of protein phosphatase 1 (PP1) and 2A (PP2A) // The eighthinternational conference on bioinformatics of genome regulation and structure\systems biology, 25–29.06.2012. Novosibirsk, Russia, P.277.

3. Samofalova D.A., Karpov P.A., Blume Ya.B.Chemogenomic profiling: identification of potential interactions between microcystin-lr and plant serine/threonine-specific protein phosphatases// 3rd  International Symposium: «Intracellular Signaling and Bioactive Molecules Design», 17-23 of September 2012, Lviv, Ukraine, P.156.

4. Karpov P.A., Samofalova D.A., Raevsky A.V., Danilova K.S., Blume Ya.B. Bioinformatic analysis of the moss kinome: going down the Stairway of evolution // 3rd International Symposium: «Intracellular Signaling and Bioactive Molecules Design», 17-23 of September 2012, Lviv, Ukraine, P.64.

5. Samofalova D.A., Karpov P.A., Blume Ya.B.Chemogenomic profiling for identification of okadaic acid receptors among plant serine/threonine-specific protein phosphatases // III Moscow International Conference «Molecular Phylogenetics MolPhy-3», Moscow, 31.07-04.08.2012. P.152.

6. Самофалова Д.А., Карпов П.А., Блюм Я.Б. Биоинформационный и хемогеномный анализ фосфатомов животных и высших растений // VМежд. школа по мол.ген. в Звенигороде. C.57.

За 2011-2008 рік - Стаття та тези:

1. Samofalova D. A., Karpov P. A., Nyporko A. U., Blum Y. B. Reconstruction of spatial structure of plant protein phosphatase type-1 and -2A in complex with okadaic acid // Tsitol. Genet. 2011. Vol. 45. N 3. P. 153–162. (http://www.springerlink.com/content/l4q3468023305312/)

2. Samofalova D., Nyporko A., Blume Y. Structural peculiarities of plant protein phosphatase interaction with okadaic acid // The seventh Int.Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Іtructure \ Systems Biology. Abstracts of the BGRS/SB conference. June 20-27, 2010. Novosibirsk, Russia, 2010. – C. 254.

3. Blume Y.B., Karpov P.A., Nyporko A.Yu., Samofalova D.A., Sheremet Ya.O., Yemets A.I. Elucidation of microtubule regulation for practical applications through bioinformatic analysis of Arabidopsis kinome and phosphatome // Збірник наукових статей V міжнародної конференції “Геном рослин”. – Одеса, 2008р. – С.162–164.

4. Nyporko A., Samofalova D., Blume Y.В. Phosphatome of Arabidopsis thaliana as a target for structural bioinformatics approaches. Abstracts of the 7th Plant Genomics European Meeting (7 Plant GEM), 24-27 September, 2008. Albena, Bulgaria. # P 02.7. – P. 81.

 

Methods and Soft:
GROMACS, Accelrys Discovery Studio, MODELLER, CCDC GOLD, HEX, I-TASSER, 3D-JIGSAW, Pcons, Swiss-PdbViewer, VMD, HyperChem, Molsoft ICM-Pro; PyMOL, MGL Tools (AutoDock), LigandScout, PRODRG, Kinexus (PhosphoNET), BLAST, FASTA, Biodesigner, Clustal, SMART, Pfam, MEGA, UniPro UGENE, etc.

Area of Interests: 
Дослідження посттрансляційних модифікацій за допомогою методів біоінформатики, обчислювальної та структурної біології. Фосфатоми. Визначення механізмів взаємодії високоселективних і комплексних інгібіторів з протеїнфосфатазами методами in silico.