Ви є тут

Pavel Karpov

Зображення користувача Pavel Karpov.

Main profile

Карпов Павло Андрійович
канд. біол. наук (03.00.20), 2000, ст. наук. співр., 2009
Contact information: 
+38(044)526-14-67, karpov_pavel@univ.kiev.ua

Full profile

Education: 

- DIPLOMA of Senior Staff Scientist (cytology, cell biology, histology - 03.00.11) - Inst. Cell Biol. & Genet. Engineer., Natl. Acad. Sci. of Ukr., Kiev. – 27.05.2009;

- Grant for Young Scientists of National Academy of Sciences of Ukraine, 2004-2006;

- DIPLOMA of Doctor of Philosophy (Ph.D., Candidate of Science) - Biotechnology  (03.00.20) - Nikita Botanical Gardens - National Scientific Center, Ukrainian Academy of Agricultural Science, - 11.10.2000;

- DIPLOMA in Biology (plant physiology) National Taurida V. Vernadsky University, Simferopol, Ukraine - M.S., Biologist, Plant Physiology, - 06.06.1995.

 

Work experiences: 

 

Зав. лабораторією біоінформатики та структурної біології Інституту харчової біотехнології та геноміки НАН України

 

Present position: -Inst. Food Biotechnology & Genomics., Natl. Acad. Sci. of Ukraine., Kiev. - The head of the Laboratory of Bioinformatics & Structure Biology,  2009 -

 

  Previous positions:

- Inst. Cell Biol. & Genet. Engineer., Natl. Acad. Sci. of Ukr., Kiev. - The head of the Structure Biology & Bioinformatics Laboratory, 2004-2009;

- Inst. Cell Biol. & Genet. Engineer., Natl. Acad. Sci. of Ukr., Kiev, Researcher, 2004;

- Nikita Botanical Garden - National Research Centre, Ukr. Acad. of Agr. Sci., Yalta, Researcher, 2000-2002;

- Nikita Botanical Garden - National Research Centre, Ukr. Acad. of Agr. Sci., Yalta, Junior Researcher, 1998-2000.

 

 Teaching Experience:

- Lectures and practical training over the course of “Bioinformatics”, “Computational biology and Bioinformatic”  and “Structural Bioinformatics” - National Taras Shevchenko University of Kiev (Kiev), 2004-

 

 

Current projects: 

 

На підставі аналізу гомології послідовностей та просторової структури виконується ідентифікація нових генів та білків, що утворюють та регулюють цитоскелет. Дослідження здійснюються за допомогою пошукових біоінформаційних інструментів, методів вирівнювання послідовностей, аналізу доменної організації, архітектури (HMM – приховані моделі Маркова, патерни), просторової структурі білків та їх філогенії. Об'єктами досліджень є різноманітні білки що формують складові частини цитоскелету та регулюють його функціонування.

 

  • 2009-2010 НАН України та НТЦУ (STCU#5215) "Програма цільових досліджень та розвиваючих ініціатив” 2009-2010 рр. за темою: "Пошук ефективних інгібіторів протеїнфосфатаз за допомогою нанохімічних підходів і оцінка їх біологічної ефективності in silico" / "Search of effective protein phosphatases inhibitors using nanochemical approaches and evaluation of their biological activity in silico". (керівник проекту - П.А. Карпов)
  • 2012 № _______ "Використання грід-технологій у фундаментальних та прикладних дослідженнях цитоскелету, шляхом створення та розвитку віртуальної організації CSLabGrid" конкурс наукових і науково-технічних проектів за Державна цільова науково-технічна програма впровадження і застосування грід-технологій (затверджене розпорядженнямПрезидії НАН України  від 26.03.2010 № 130 та розпорядження Президії НАН України від ___.04.2012 № ____. (відповідальний виконавець, керівник проекту - академік НАН України Я.Б. Блюм)
  • 2011 № 33/11A "Створення віртуальної організації для вирішення обчислювальних задач дослідження цитоскелету та високоефективного скринінгу антимітотичних речовин із залученням сучасних Грід-технологій" конкурс наукових і науково-технічних проектів за Державна цільова науково-технічна програма впровадження і застосування грід-технологій (затверджене розпорядженням Президії НАН України  від 26.03.2010 № 130 та розпорядження Президії НАН України від 05.04.2011 № 235. (відповідальний виконавець, керівник проекту - академік НАН України Я.Б. Блюм)
  • 2010 № 20/10А "Застосування грід-ресурсу для біоінформаційного вивчення цитоскелету та високо пропускного віртуального скринінгу речовин з антимікротрубочковою активністю для потреб фармацевтики та захисту рослин" конкурс наукових і науково-технічних проектів за Державна цільова науково-технічна програма впровадження і застосування грід-технологій (затверджене розпорядженням Президії НАН України  від 26.03.2010 № 130 та розпорядження Президії НАН України від 05.02.2010 № 19. (відповідальний виконавець, керівник проекту - академік НАН України Я.Б. Блюм)
  • 2008-2009 Проект НАН України та Російського фонду фундаментальних досліджень „Порівняльний аналіз кіномів мікротрубочок у тварин та у вищих рослин” 2008-2009 р.р. (відповідальний виконавець, керівник проекту - академік НАН України Я.Б. Блюм)
  • 2007-2008 НАН України та НТЦУ (STCU#4929) "Застосування грід-ресурсу для тотального аналізу особливостей просторової структури бета-тубулінів, що обумовлюють диференційну чутливість до бензимідазолів" / Application of grid-resource for total analysis of beta-tubulin spatial structure features causing a different sensitivity to benzimidazoles". (виконавець, керівник проекту - О.Ю. Нипорко)
  • 2007-2008 НАН України та НТЦУ (STCU#4932) "In silico дизайн і синтез сполук з протитуберкульозною активністю на основі структурної взаємодії з FtsZ-білками" / "In silico design and synthesis of compounds with antituberculous activity on the base of their structural interaction with FtsZs." (відповідальний виконавець, керівник проекту - академік НАН України Я.Б. Блюм)

 

 

 

Methods and Soft:

BLAST, FASTA, ORF Finder, Map Viewer, PROSITE, Biodesigner, Clustal, T-Coffee, GeneDoc, GeneMark, GENSCAN, DNAMAN, Lion, SMART, Pfam, ProDom, pDomains, STRING, PHYLIP, MEGA, TreeView, WebLogo, UniPro UGENE, MODELLER, I-TASSER, 3D-JIGSAW, Pcons, Swiss-PdbViewer, VMD, HyperChem, Molsoft ICM-Pro; LeadIT (FlexX, ReCore, Hyde), PyMOL, CCDC GOLD, HEX, MGL Tools (AutoDock), Accelrys Discovery Studio, LigandScout, PRODRG, Kinexus (PhosphoNET), PHOSIDA, etc.

 

 

Selected publications: 

 

  • Demchuk O., Karpov P., Blume Ya. Docking Small Ligands to Molecule of the Plant FtsZ Protein: Application of the CUDA Technology for Faster Computations. // Cytology and Genetics. -2012. - V. 46, No. 3. - P. 172-179. DOI: 10.3103/S0095452712030048; http://www.springerlink.com/content/923775238162x14k/
  • Demchuk O., Karpov P., Raspor P., Blume Ya. Molecular modelling of FtsZ proteins based on their homology in Escherichia coli and Mycobacterium tuberculosis as the key stage of rational design of new antituberculous compounds. // Acta Biologica Slovenica, 2011, 54 (2), P. 13-29. (PDF)
  • Самофалова Д.А., Карпов П.А., Ныпорко А.Ю., Блюм Я.Б. Реконструкция пространственной структуры комплексов растительных протеинфосфатаз типа 1 и 2А с окадаиновой кислотой. // Цитология и генетика. – 2011. – Том.45. – №3. – С.26-34. http://www.springerlink.com/content/l4q3468023305312/
  • Karpov P.A., Nadezhdina E.S., Yemets A.I., Blume Ya.B. Results of the Clusterization of Human Microtubule and Cell Cycle Related Serine/Threonine Protein Kinases and Their Plant Homologues. // Moscow University Biological Sciences Bulletin. – 2010. – V.65, No. 4. – P.213–216. (Original Russian Text © 2010, published in Vestnik Moskovskogo Universiteta. Biologiya, 2010, No. 4, pp. 95–99.) http://www.springerlink.com/content/r328724m2h96k21m/
  • Karpov P.A., Rayevsky A.V., Blume Ya.B. Bioinformatic Search for Plant Homologs of the Protein Kinase Bub1 - a Key Component of the Mitotic Spindle Assembly Checkpoint. // Cytology and Genetics. – 2010. – V. 44, No. 6. – P.376–388. (Original Russian Text ©, 2010, published in Tsitologiya i Genetika, 2010, Vol. 44, No. 6, pp. 57–69.) http://cytgen.com/en/2010/57-69N6V44.htm
  • Брянцева С.А., Гаврюшина Е.С., Емец А.И., Карпов П.А., Блюм Я.Б., Дрыгин Ю.Ф., Надеждина Е.С. MAST2-подобная протеинкиназа из винограда Vitis vinifera: клонирование кДНК, кодирующей каталитический домен // Цитология и генетика. – 2010. – Т.44, № 4. – С. 41-47. http://cytgen.com/en/2010/41-47N4V44.htm
  • Karpov P.A., Nadezhdina E.S., Yemets A.I., Matusov V.G., Nyporko A.Yu., Shashina N.Yu. Blume Ya.B. Bioinformatic Search of Plant Microtubule- and Cell Cycle Related Serine-Threonine Protein Kinases. // BMC Genomics. 2010, 11(Suppl 1): S14. – doi:10.1186/1471-2164-11-S1-S14 http://www.biomedcentral.com/1471-2164/11/S1/S14
  • Карпов П.А., Емец А.И., Матусов В.Г., Ныпорко А.Ю., Надеждина Е.С., Блюм Я.Б. Биоинформационный поиск растительных гомологов Ste20-подобных серин/треониновых протеинкиназ. // Факторі експериментальної еволюції організмів. Збірник наукових праць. – 2009. – Т.7. – С.14-21. http://utgis.org.ua/img/static/142/tom-7-vse.pdf
  • Карпов П.А., Емец А.И., Матусов В.Г., Ныпорко А.Ю., Надеждина Е.С., Шашина Н.Ю., Блюм Я.Б. Биоинформационный поиск растительных гомологов ассоциированной с микротрубочками протеинкиназы MAST2. // Труды Никитского ботанического сада. – 2009. – Т.131. – С.181-187.  http://www.nbuv.gov.ua/portal/Chem_Biol/znpdnbs/2009_131.pdf
  • Карпов П.А., Емец А.И., Матусов В.Г., Ныпорко А.Ю., Надеждина Е.С., Блюм Я.Б. Биоинформационный поиск растительных гомологов Ste20-подобных серин/треониновых протеинкиназ. // Цитология и генетика. – 2009. – Том.43. - №6. – С.68-77. http://cytgen.com/en/2009/68-77N6V43.htm
  • Карпов П.А., Надеждина Е.С., Емец А.И., Матусов В.Г., Ныпорко А.Ю., Шашина Н.Ю., Блюм Я.Б.Биоинформационный поиск растительных протеинкиназ, участвующих в фосфорилировании белков микротрубочек и регуляции деления клеток. // Цитология и генетика. – 2009. – Том.43. – №3. – С.63-79. http://cytgen.com/en/2009/63-79N3V43.htm
  • Пірко Я.В., Корховий В.І., Кашеваров Г.П., Комарницький І.К., Карпов П.А., Ємець А.І., Кучук М.В., Сорочинський Б.В., Блюм Я.Б. Впровадження методів контролю генетично модифікованих компонентіву насіннєвому матеріалі сільськогосподарських культур та стандартизація їх нормативного забеспечення. // Наука та інновації. – 2009. – Т.5. - №2. – С.38-49. http://dspace.nbuv.gov.ua:8080/dspace/bitstream/handle/123456789/14999/Pirko.pdf?sequence=1
  • Karpov P.A., Blume Y.B. Bioinformatic search for plant homologues of animal structural MAPs in the Arabidopsis thaliana genome. In the: The Plant Cytoskeleton: a Key Toolfor Agro-Biotechnology. Ed. By Ya.B. Blume, W.V. Baird, A.I. Yemets, D. Breviario. – 2008,. Springer, Netherlands. – P.373-397. http://www.springer.com/life+sciences/cell+biology/book/978-1-4020-8841-4
  • Карпов П.А., Емец А.И., Блюм Я.Б. Анализ кинома Arabidopsis thaliana на основании гомологии каталитическому домену тирозинкиназы Zap70 Mus musculus. // Фактори експериментальної еволюції організмів. // Збірник наукових праць. Том 4. – 2008.– С.157-163. http://utgis.org.ua/img/static/142/tom4-vse.pdf
  • Блюм Я.Б., Баннікова М.О., Карпов П.А.,Комарницький І.К., Кучук М.В., Сорочинський Б.В. Впровадження методів оцінки наявності та вмісту генетично модифікованих компонентів у продуктах харчування, кормах і парфюмерно-косметичних виробах. // Наука та інновації. – 2008. – Т.4, №2. – С.40-48. http://www.nas.gov.ua/scinn/arhiv/0208/Blum.pdf
  • Карпов П.А. Культура органов и тканей представителей рода Yucca L. // Труды Никитского ботанического сада. – 2007. – Том. 127. – С.61-74. http://www.nbgnsc.com/node/108#7
  • Karpov P.A. Clonal propagation of Yucca aloifolia L. // Acta Universitatis Latviensis, Biology. – 2004. – Vol.676. – P.177-182. http://eeb.lu.lv/EEB/2004/Karpov.pdf
  • Карпов П.А. Возможности использования культуры тканей Yucca macrocarpa Engelm. для получения стероидных гликозидов. // Доповіді Національної Академії Наук України. –2000. – № 9. – С.180-185.
  • Гришковец В.И., Карпов П.А., Иксанова С.В., Чирва В.Я.Стероидный гликозид из семян Yucca macrocarpa. // Химия природных соединений. -1998. – Вып.6. – С.828-830. (Chemistry of Natural Compounds. - Vol.34, N.6. - P.738-740. DOI: 10.1007/BF02336106) https://springerlink3.metapress.com/content/c20166l175gr6328/resource-secured/?target=fulltext.pdf&sid=dwctuvynz2tbtu55dsq3ke45&sh=www.springerlink.com
  • Карпов П.А., Чирва В.Я. Изучение стероидных гликозидов в репродуктивных органах Yucca macrocarpa Engelm. // Бюл. Держ.Нікіт.ботан.саду. – 1998. – Вип.80. – С.168-174.
  • Лищук А.И.,Карпов П.А. Изучение стероидных гликозидов Yucca macrocarpa в вегетативных органах. // Бюл. Никит. ботан. сада. -1997. - Вып.78. -С.95-99.
  • Карпов П.А. Изучение стероидных гликозидов семян некоторых представителей рода Yucca.// Бюл. Никит. ботан. сада. – 1997. – Вып.78. – С.92-95.

 

Area of Interests: 
Research interests lie in the study of the reversible protein phosphorylation, protein kinases, protein phosphatases, posttranslational modifications and their role in cytoskeleton regulation, plant biology, bioinformatics, genomics, proteomics, cell biology, structural biology, HPC, Grid computing, etc.